Beberapa permasalahan serius pendidikan yang tidak hanya melanda Jawa Timur, namun sudah menjadi masalah nasional karena dianggap merugikan keuangan negara dan masyarakat, tiga di antaranya adalah menjamurnya sekolah abal-abal, status siswa ganda dan kasus regrouping sekolah.
Terkait sekolah abal-abal penerima dana BOS (Bantuan Operasional Sekolah) di Jawa Timur, setelah BPK (Badan Pemeriksa Keuangan), tim Akreditasi Sekolah dan tim LPMP Jawa Timur turun ke lapangan untuk cek TKP (Tempat Kejadian Peristiwa) ternyata sekolah tersebut telah tutup, dan melalui sinkron ke Dapodik, parahnya sekolah tersebut masih mendapat kucuran dana BOS.
Sejak 2018 lalu LPMP Jawa Timur telah diberi amanah oleh Kemdikbud utk melihat sekolah-sekolah yang tutup di 38 kabupaten/kota di Jawa Timur. Sebenarnya kecarutmarutan ini tidak hanya di Jawa Timur, tetapi yg dijadikan contoh salah satunya Jawa Timur yang secara kuantitas termasuk dari dua yang terbanyak.